Leader in clinical big data analytics collaborates with world-class bioinformatics provider in GastricGlycoExplorer consortium
Partnership to develop early detection tools for one of the deadliest cancers
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Paris, France, Cambridge, Massachusetts USA, and Geneva, Switzerland, 1 June 2015 – Ariana Pharma, developer of innovative clinical data analysis and diagnostic solutions for the healthcare sector, and SIB Swiss Institute of Bioinformatics, a world-class provider of bioinformatics resources and expertise, today announced their collaboration focusing on the discovery of novel biomarkers for gastric cancer. This collaboration aims at developing early detection tools for gastric cancer, one of the deadliest cancers.
This collaboration is carried out within the GastricGlycoExplorer consortium, a European Commission funded project. The consortium aims at discovering and developing new diagnostic signatures by characterizing the sugars that are attached to the surface of gastric tissue. “Glycomics“ provides a systematic approach for studying sugars that are naturally present on cell surfaces and its application may lead to determine early markers of gastric cancer. Early detection of gastric cancer is likely to have a major impact on patient survival where the current 5-year survival rate is only about 3 out of 10. “Glycomics”, one of the latest “omic” sciences, provides a new insight into the complexity of human physiopathology, and has a great potential for the discovery of novel biomarkers.
Gastric cancer is the fourth deadliest cancer in Europe, and yearly about 140,000 new cases are diagnosed in the United States. The early detection is a key factor for survival but is still extremely challenging due to the non-specificity of symptoms. Moreover, no reliable biomarkers demonstrated to be of clinical relevance yet.
Ariana Pharma Founder and Chief Executive Officer Dr. Mohammad Afshar commented: “We are pleased to participate in this exciting collaboration on a critical health need. The project will enable us to identify novel biomarkers, hopefully leading to an earlier detection of gastric cancer and thus saving patients’ lives. It is also an opportunity to extend our Big Data analytics capabilities into glycomics, a promising new field of Omics”.
Proteome Informatics Group Leader at SIB Swiss Institute of Bioinformatics Dr. Frédérique Lisacek said: “We are very enthusiastic about collaborating with Ariana Pharma and apply their KEM® (Knowledge Extraction and Management) data mining technology to our extensive glycomic knowledge base platforms. This work builds upon my long term interactions with Ariana Pharma’s co-founder, Professor Jean Sallantin and his artificial intelligence laboratory at the CNRS”.
The consortium will be collecting patients’ samples and generate multi-platform data characterizing their glycan and glycoprotein content. Ariana Pharma’s role is to identify specific biomarkers related to gastric cancer that may be predictive of different disease stages. To such goal, data mining methods for the automatic data processing of glycomics data will be put in place. The consortium will generate a database as well as web-based tools for automatic processing of glycomics data that may be of great benefit for the scientific community.
About Ariana Pharma
Ariana Pharma develops innovative clinical data analysis and diagnostic testing solutions to help the healthcare sector better adapt patient treatments to individual biological characteristics. Ariana Pharma’s KEM® technology enables personalization of therapies, improves the efficacy and safety of patient treatment, reduces risks and drug development costs, and accelerates time to market. KEM® is the only FDA tested technology that systematically explores combinations of biomarkers, producing more effective biomarker signatures for personalized medicine. Founded in 2003 as a spin-off of the Institut Pasteur, Paris, France, the company opened a subsidiary in the United States in 2012.
About SIB Swiss Institute of Bioinformatics
SIB Swiss Institute of Bioinformatics is an academic not-for-profit foundation recognized of public utility. It federates bioinformatics activities throughout Switzerland. Its mission is to provide world-class core bioinformatics resources and expertise to the national and international life science research community. It has a long-standing tradition of producing state-of-the-art software and carefully annotated databases, such as UniProtKB/Swiss-Prot, the world’s most widely used source of information on proteins. SIB also provides leading educational services, data analysis support and bioinformatics research.
SIB includes 56 world-class research and service groups, which bring together more than 650 scientists in the fields of genomics, transcriptomics, proteomics, evolution, population genetics, systems biology, structural biology, biophysics and clinical bioinformatics, located in the Swiss cantons of Basel, Bern, Fribourg, Geneva, Ticino, Vaud and Zurich. SIB’s expertise is widely appreciated and life scientists all over the world use its services. www.isb-sib.ch.
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Paris, France, Cambridge, Massachusetts USA, et Genève, Suisse, le 1 juin 2015 – Ariana Pharma, concepteur de solutions innovantes d’analyse de données cliniques et de diagnostic pour le secteur de la santé, et le SIB Institut Suisse de Bioinformatique, fournisseur des ressources et expertise en bioinformatique de classe mondiale, annoncent aujourd’hui leur collaboration pour l’identification des nouveaux biomarqueurs associés au cancer gastrique. Cette collaboration vise au développement d’outils pour la détection du cancer gastrique, l’un des cancers les plus mortels.
Cette collaboration est menée au sein du consortium GastricGlycoExplorer, un programme financé par la Commission Européenne. Le consortium vise à l’identification et au développement de nouvelles signatures diagnostiques à travers la caractérisation des sucres attachés à la surface du tissu gastrique. La « glycomique » permet d’étudier ces sucres naturellement présents sur la surface des cellules par une approche systématique qui pourrait donner lieu à la détermination de marqueurs précoces du cancer gastrique. La détection précoce du cancer gastrique aurait un impact important sur la survie des patients, le taux de survie à 5 ans actuel étant autour de 3 sur 10. La glycomique, l’une des dernières sciences « Omiques », constitue une nouvelle approche pour l’étude des processus complexes de physiopathologie humaine avec un grand potentiel de découverte de nouveaux biomarqueurs.
Le cancer gastrique reste le quatrième cancer le plus mortel et, chaque année, autour de 140000 nouveaux cas sont diagnostiqués aux Etats-Unis. Sa détection précoce est un facteur primordial pour la survie bien que, à cause de la non spécificité des symptômes, il soit encore extrêmement difficile à détecter. En outre, aucun biomarqueur n’a encore été prouvé suffisamment fiable, ni pertinent cliniquement.
Le fondateur et Président-Directeur Général d’Ariana Pharma, le Docteur Mohammad Afshar, déclare : « Nous sommes heureux d’être partenaires de ce projet novateur sur un besoin si crucial de santé. Ce projet nous permettra d’identifier des nouveaux biomarqueurs dans l’espoir d’aider la détection précoce du cancer gastrique et, par conséquent, sauver la vie des patients. Il représente aussi l’opportunité d’élargir nos compétences d’analyse big data à la glycomique, un nouveau domaine « Omics » prometteur. »
La chef du groupe Proteome Informatics au SIB Institut Suisse de Bioinformatique, le Docteur Frédérique Lisacek, commente : « Nous sommes très enthousiastes de collaborer avec Ariana Pharma et de pouvoir appliquer leur technologie de data mining KEM®, Knowledge Extraction and Management, à notre base de données glycomiques. Ce travail est une suite logique de mon interaction de longue date avec le co-fondateur d’Ariana Pharma, le Professeur Jean Sallantin et son laboratoire d’intelligence artificielle au CNRS. »
Le consortium se charge de la collecte des échantillons et de générer les données issues de différentes technologies pour caractériser le contenu glycomique des échantillons. Dans ce cadre, la mission d’Ariana Pharma sera d’identifier des biomarqueurs spécifiques au cancer gastrique qui pourraient aussi aider à la prédiction des stades d’avancement du cancer. A cette fin, Ariana mettra en place des méthodes de data mining pour l’analyse automatique des données glycomiques. Le consortium produira une base de données et des outils web pour l’analyse automatique de données glycomiques, dont toute la communauté scientifique pourra bénéficier.
À propos d’Ariana Pharma :
Ariana Pharma développe des solutions innovantes d’analyse des données cliniques et de tests diagnostiques permettant aux acteurs du secteur de la santé de mieux adapter les traitements médicaux des patients aux caractéristiques biologiques individuelles. La technologie d’Ariana Pharma, KEM®, permet la personnalisation des thérapies, améliore l’efficacité et la sécurité des traitements des patients, réduit les risques et les coûts de développement des médicaments, et accélère le délai de mise sur le marché. KEM® est la seule technologie évaluée par la FDA (Food and Drug Administration) qui explore de façon systémique des combinaisons de biomarqueurs, produisant ainsi des signatures de biomarqueurs plus efficaces pour la médecine personnalisée. Fondée en 2003, Ariana Pharma est une spin-off de l’Institut Pasteur, Paris, France, et a ouvert une filiale aux Etats-Unis en 2012.
A propos du SIB Institut Suisse de Bioinformatique :
Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique est une fondation académique sans but lucratif et d’utilité publique fédérant les activités dans le domaine de la bioinformatique en Suisse. Sa mission est de fournir ressources et expertise de classe mondiale à la communauté des sciences de la vie, tant au niveau national qu’international. Il a une longue tradition dans le développement de logiciels de pointe et de bases de données annotées avec soin, telles qu’UniProtKB/Swiss-Prot, la source d’informations sur les protéines la plus utilisée au monde. Le SIB assure également de l’enseignement, du support en analyse de données et une recherche en bioinformatique de premier plan.
Le SIB fédère 56 groupes de recherche et de service, soit plus de 650 scientifiques, reconnus internationalement dans les domaines de la génomique, la transcriptomique, la protéomique, l’évolution, la génétique des populations, la biologie des systèmes, la biologie structurale, la biophysique et la bioinformatique clinique. Ces groupes sont répartis dans les cantons suisses de Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Vaud, Zurich et du Tessin. Le SIB est un partenaire reconnu à l’échelon internationale et ses services sont utilisés à travers le monde par les chercheurs du vivant. www.isb-sib.ch.
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28, rue du docteur Finlay, FR-75015 Paris
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